2012 год. Шесть лет прошло с момента Второй катастрофы, затмившей события апреля 1986 года. (тут есть противоречие — в самой игре приведена дата 12 апреля 2008, а на официальном сайте — 12 апреля 2006 года)

Действие игры происходит в Чернобыльской зоне отчуждения, превратившейся из места, где ломались судьбы, в угрозу всему человечеству. Свои тайны Зона раскрывает неохотно, через силу, и редкий герой сможет добраться до самого ее сердца и узнать – какая опасность поджидает его там?

Опасность, по сравнению с которой мародеры и вражеские группировки, все монстры и аномалии Зоны покажутся лишь подготовкой к встрече с чем-то более фатальным и пугающим.

А пока... Готовься, герой. Собирай артефакты и торгуй, прощупывай дорогу и проверяй тылы, хватай рентгены и сражайся – но только выживи! И тогда, быть может, если будешь настойчив и особо везуч, ты узнаешь – почему все это свалилось на тебя.

Clear Sky поведает нам историю о событиях, произошедших за год до начала сюжета оригинального S.T.A.L.K.E.R.. Оказывается, мир в Shadow of Chernobyl был довольно мирным, а во времена, о которых поведает нам Clear Sky, Зона была намного враждебнее. Природа вокруг будет более активна: аномалии будут куда страшнее, а общий пейзаж станет не таким, каким он был в первой части. В игре появятся некие пространственные дыры, в которых могут пропасть целые экспедиции сталкеров. Clear Sky будет представлять собой на 50 процентов новую территорию, а также преподнесет на 50 процентов новые ощущения от игры.
Игроки отныне получат возможность присоединиться к одной из восьми фракций и работать на нее. Впоследствии можно будет со своими людьми завоевывать важные локации и нападать на вражеские базы. Однако чтобы вас начали уважать, во фракции придется пройти по ранговой лестнице – с самых низов до почетных постов. В принципе, вступать в ряды фракции необязательно, но есть одно «но» - для успешного прохождения основной сюжетной линии нужно будет уничтожить одну из сильнейших группировок.
Новые монстры, новая физика, усовершенствованный интеллект и даже поддержка DirectX 10-графики – вот то, что предложат нам разработчики в S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky.