--------------------

К сожалению, да, заморачиваться придётся. Но я постараюсь объяснить, как это делается:
Нам нужны две программы, KotOR TOOL и .2da merger. Первая программа нам необходима (в нашем случае) для извлечения оригинальных файлов с расширением .2da из игры, а вторая - для того, чтобы смешивать существующие .2da-файлы в один. Качаем их и устанавливаем туда, куда нам удобно.
Объясню на простом примере: скажем, мы имеем два разных мода, в которых при распаковке обнаруживаются одинаковые файлы с названием appearance.2da. Это означает то, что при установке обоих модов, один из appearance.2da "затрёт" предыдущий в папке Override. Что нам делать, чтобы этого не произошло?
1) Качаем оба мода, распаковываем их куда-нибудь (не устанавливаем).
2) Просматриваем моды на наличие в них одинаковых файлов .2da. Оказывается, что в обоих модах содержатся одинаковые файлы по имени appearance.2da. Значит, нам необходимо их совместить.
3) Открываем заранее установленный KotOR TOOL, находим в древе нужную папку c .2da-файлами самой игры (кажется, папка называется 2da array), извлекаем оттуда куда-нибудь файл appearance.2da.
4) Открываем установленную до этого программу .2da merger, указываем в ней appearance.2da из первого мода, во второй строке appearance.2da из второго мода (второй файл приоритетнее, и значит, если во втором файле есть строки, которые присутствуют в первом файле, то второй их заменит), а в третьей строке указываем местонахождение того оригинального appearance.2da, который мы извлекли с помощью KotOR TOOL.
5) Нажимаем "merge", сохраняем где-нибудь получившийся объединённый из двух файл appearance.2da.
6) Устанавливаем по очереди оба мода, затем заменяем объединённым appearance.2da тот файл, который у нас лежит в папке Override.
Те же самые манипуляции необходимо проделывать и с другими файлами .2da (faces.2da, и так далее), если таковые оказались в модах. В этом случае конфликт не возникнет.
Несколько сложнее с файлами с расширением .mod, которые модификации обычно помещают в папку Modules игры. Тут нужно обязательно читать описание совместимости. В принципе, те моды, которые указаны выше - совместимы (конечно, если не забывать о файлах .2da). Кое-какие содержат одинаковые текстуры, но их легко можно сравнить до того, как мод установлен, и выбрать то, что подходит именно вам.