"- До меня дошли слухи, - молвил тем временем Палпатин, - что группа
солдат-клонов на Мурхане сознательно отказалась выполнять Приказ 66.

Вейдер ещё сильнее сдавил рукоять меча.

- Я не слышал об этом, учитель.

Насколько ему было известно, каминоанцы, растившие клонов, не закладывали
Приказ 66 в их сознание. Вместо этого, солдаты - и офицеры в особенности -
были запрограммированы на беспрекословное подчинение Верховному канцлеру как
главнокомандующему Великой армией Республики. Таким образом, когда джедаи
раскрыли свои коварные намерения и стали представлять для Палпатина угрозу,
тот приговорил их к смертной казни.

На бессчётном множестве планет Приказ 66 был исполнен чётко и
безукоризненно: на Майгито, Салукемай, Фелуции и в других мирах. Застигнутые
врасплох, тысячи джедаев пали жертвой солдат, которые в течение трёх лет
беспрекословно подчинялись им как генералам Великой армии. По слухам,
нескольким джедаям всё же удалось избежать смерти - волею случая или же
благодаря своим исключительным способностям. Но на Мурхане произошло нечто из
ряда вон выходящее - и представляющее для Империи куда большую опасность, чем
кучка выживших джедаев.

- Что послужило причиной неповиновения, учитель? - осведомился Вейдер.

- Инфекция, - презрительно бросил Палпатин. - Инфекционная болезнь,
вызванная долгими годами службы бок о бок с джедаями. Клоны они или кто-то ещё
- не всё возможно заложить в их память в процессе создания. Рано или поздно
даже самый последний солдат начинает в большей степени руководствоваться тем,
что пережил, нежели тем, что было заложено изначально."
Отрывок из "Dark Lord: The Rise of Darth Vader" Джеймс Лучено
Обсудим сабж

По-моему не так уж и важно был зашит приказ в клонов или не был это всего лишь инстинкт. Как у людей например вшит инстинкт самосохранения, но люди ведь могут жертвовать собой ради чего-либо, для этого просто необходимо иметь достаточно морали, т.е. прожить достаточно долго и в правильном окружении. Так же и с клонами и тут разница между командос и обычными клонами лишь в том, что командос живут дольше.