Конкретно?
1. Изначально тела умерших или погибших джедаев никуда не исчезали, а в виде призрака мог при необходимости появляться любой умерший адепт Светлой Стороны. Потом вдруг в Мести Ситхов всплывает, что это, оказывается, особое и редкое умение, которому надо обучаться, здорово перестраивая себя. Исключение для тех, кто сумел вернуться с Тёмной Стороны, хотя это никак не объясняется. Остаётся только предполагать, что сам этот процесс искупления аналогичен части этого обучения, но в концентрированном виде. По-другому не выходит.

Лично я ничуть не против такого изменения, просто это иллюстрирует то, что сам Лукас начал тот процесс, о котором мы говорим, а не кто-то левый.

Но по итогу в 4 и 6 Эпизод были внесены существенные изменения после появления третьего.

2. Изначально Сила - это жизненная энергия вселенной, а способности к ней - это как способность к поэзии или музыке. В приквелах появляются мидихлорианы. Но их тема никак не раскрывается.

3. Именно Лукас попросил Филони вернуть Мола, так как того очень полюбили фанаты.

4. Слишком часто новеллизация не столько дополняет фильм в каких-то деталях, сколько противоречит ему. По 1 Эпизоду это особенно хорошо заметно. Вопрос. Чему я как читатель и зритель должна верить? Тому, что на экране или тому, что в книге? И связано это с тем, что Лукас, именно Лукас, не подпускал к своему творческому процессу на съёмочной площадке авторов новеллизаций, чтобы типа того не было спойлеров. А по итогу пострадала целостность ситуации.

5. Ну, путаницу в показаниях старого Кеноби все видели. И хоть бы обоснуй под это подвёл. Ну, последствия контузии - самый простой выход. Потому что иначе получается механизм психологической защиты, причём очень некрасивый. Что для джедая, вообще говоря, не комильфо.

Так что вот это вот всё начали не мыши. Ну, про то, что Вейдер - отец Люка, а Лея - его сестра, придумывалось вообще на ходу. Известная же тема. Но нестыковки-то остались...

по галактике бегают зеленые кролики, Дарт Вейдер и (отдельно) отец Люка Скайуокера.

Окей.
1. А сколько было примеров этих "всех" то? 4 и 6 эпизоды? Ха-ха, ну вот вам "современные условия" где стали призраками 1. Кеноби 2. Йода. 2 из 2 - это 100% статистика или таки слишком малая выборка?
Вряд ли Жора читал и согласовывал эти моменты - но толп призраков после "Сказаний" и "Джедаев против ситов" не заметно было. А уж там их погибало поболее чем в ОТ.
2. Да чего вы прикопались к ним? Появились - и далее отовсюду пропали. Все, вопрос закрыт. Самим Лукасом - понял наверно что облажался.
3. Предлагаете продолжать моло/филонисрач?
4. Советую вам почитать Marvel Star Wars, номера 39-44. Тоже "авторам комиксов доступа на с"емки не было". Ну и "Return of the Jedi mini-series", 4 штуки - та же проблема.
5. Какие именно нестыковки? Список в студию - и заодно указывайте откуда оно вылезло кроме "ну мы планировали вот так - а сделали вот эдак".

Ой, с айэмёрфазер вышло может и "некрасиво" - но все порушенное "переделками Лукаса в 5-6 эпизоде" - вы САМИ то с этим знакомы?