Кот в сапогах (яп. 長靴をはいた猫 Нагагуцу о хаита нэко?) — 1969
Люди пустыни (яп. 砂漠の民 Сабаку но тами?) — 1969—1970 (под псевдонимом Сабуро Акицу)
Драгоценный остров животных (яп. どうぶつ宝島 До:буцу такарадзима?) — 1972
Моей сестрёнке (яп. 妹へ Имо:то э?) — шестистраничная графическая поэма, опубликована в 1982 году в книге о ранних работах Миядзаки и Оцуки «Мир Хаяо Миядзаки и Ясуо Оцуки».
Навсикая из Долины Ветров (яп. 風の谷のナウシカ Кадзэ но тани но Наусика?) — 1982—1994
Коллекция набросков Миядзаки Хаяо (яп. 宮崎駿イメージボード集 Миядзаки Хаяо имэ:дзи бо:до сю:?) — 1983
Путешествие Сюны (яп. シュナの旅 Сюна но таби?) — 1983
Век летающих лодок (яп. 飛行艇時代 Хико:тэй дзидай?) — 1990 (часть Записных книжек Хаяо Миядзаки, 15-тистраничная манга, на основе которой снимался Порко Россо)
Записная книжка Хаяо Миядзаки (яп. 宮崎駿の雑想ノート Миядзаки Хаяо но дзассо: но:то?) — графические статьи, печатавшиеся в журнале Model Graphix с 1982 по 1992 годы и выпущенные отдельным томом в 1992 году.
Покрытые грязью тигры (яп. 泥まみれの虎 Доромамирэ но тора?) — 1998—1999.
Возвращение Ганса (яп. ハンスの帰還 Хансу но кикан?) — 1994.

Режиссёр, сценарист, раскадровщик
Конан — мальчик из будущего (яп. 未来少年コナン Мираи сё:нэн Конан?), аниме-сериал, 1978
Люпен III: Замок Калиостро (яп. ルパン三世カリオストロの城 Рупан сансэи Кариосуторо но сиро?), полнометражный аниме-фильм, 1979
Конан — мальчик из будущего (яп. 未来少年コナン特別篇　巨大機ギガントの復活?), полнометражный аниме-фильм, 1984
Навсикая из Долины Ветров (яп. 風の谷のナウシカ Кадзэ но тани но Наусика?), полнометражный аниме-фильм, 1984
Великий детектив Холмс (яп. 名探偵ホームズ1　青い紅玉(ルビー)の巻?), аниме-фильм, 1984, студия Tokyo Movie Shinsha
Великий детектив Холмс (яп. 名探偵ホームズ?), аниме-сериал, 1984, кей-аниматор, сценарист, студия Tokyo Movie Shinsha
Небесный замок Лапута (яп. 天空の城ラピュタ Тэнку: но сиро Рапюта?), полнометражный аниме-фильм, 1986
Мой сосед Тоторо (яп. となりのトトロ Тонари но Тоторо?), полнометражный аниме-фильм, 1988
Ведьмина служба доставки (иногда «Служба доставки Кики») (яп. 魔女の宅急便 Мадзё но таккю:бин?), полнометражный аниме-фильм, 1989
Порко Россо (яп. 紅の豚 Курэнай но бута?), полнометражный аниме-фильм, 1992
Sora Iro no Tane (яп. そらいろのたね?), ТВ-спэшл, 1992
Nandarou (яп. なんだろう?), ТВ-спэшл, 1992
On Your Mark — музыкальный клип на одноимённую песню группы Chage and Aska, 1995
Принцесса Мононокэ (яп. もののけ姫 Мононокэ Химэ?), полнометражный аниме-фильм,1997
Унесённые призраками (яп. 千と千尋の神隠し Сэн то Тихиро но Камикакуси?), полнометражный аниме-фильм, 2001
Koro no Daisanpo (яп. コロの大さんぽ?), короткометражный аниме-фильм, 2001
Kujira Tori (яп. くじらとり?), короткометражный аниме-фильм, 2001
Ходячий замок (яп. ハウルの動く城 Хауру но Угоку сиро?), полнометражный аниме-фильм, 2004
Рыбка Поньо на утёсе (Ponyo on the Cliff by the Sea) (яп. 崖の上のポニョ Гакэ но уэ но Понё?), полнометражный аниме-фильм, 2008
Сорежиссёр
Люпен III (яп. ルパン三世 Рупан сансэи?), аниме-сериал, 1971—1972 — эпизоды 7,8,10,11,13—23 (в паре с Исао Такахатой).
Новый Люпен III (яп. 新ルパン三世 Син Рупан сансэи?), аниме-сериал, 1977—1980 — эпизоды 145, 155 (под именем Цутому Тэруки).
Эскизы фонов, компоновка
Хайди, девочка с Альп (яп. アルプスの少女ハイジ Арупусу но сё:дзё Хайдзи?), аниме-сериал, 1974 (режиссёр Исао Такахата, адаптация книги Джоанны Спири «Хайди»).
Три тысячи ри в поисках матери[4] (яп. 母をたずねて三千里 Хаха о тадзунэтэ сандзэн ри?), аниме-сериал, 1976 (режиссёр Исао Такахата, в основу легла часть романа «Сердце» Эдмондо де Амичиса).
Anne of Green Gables (яп. 赤毛のアン Акагэ но Ан?), аниме-сериал, 1979 (режиссёр Исао Такахата, адаптация книги Люси Мод Монтгомери).
Концепция, сценарий, раскадровка, эскизы фонов, ключевая анимация
Панда большая и маленькая (яп. パンダコパンダ Панда копанда?), короткий аниме-фильм, 1972 (режиссёр Исао Такахата).
Панда маленькая панда и дождливый цирк (яп. パンダコパンダ 雨降りサーカスの巻 Панда копанда амэфури са:касу но маки?), короткий аниме-фильм, 1973 (режиссёр Исао Такахата).
Самураи-гиганты (яп. 侍ジャイアンツ Самурай Дзяйанцу?), аниме-сериал, 1973—1974 — 48 серий. Трансляция с 07.10.1973 по 29.09.1974.
Сценарий, раскадровка, продюсирование, монтаж
Помпоко: Война тануки (яп. 平成狸合戦ぽんぽこ Хэйсэй тануки гассэн Пон Поко?), аниме-фильм, 1994 (режиссёр Исао Такахата).
Шёпот сердца (яп. 耳をすませば Мими о сумасэба?), аниме-фильм, 1995 (режиссёр Ёсифуми Кондо).
Возвращение кота (яп. 猫の恩返し Нэко но Онгаэси?), полнометражный аниме-фильм, 2002 (режиссёр Хироюки Морита)
Консультации, ключевая анимация, раскадровка, эскизы фонов
Животные на острове сокровищ (яп. どうぶつ宝島 До:буцу такарадзима?), аниме-фильм, 1971.
Ключевая анимация, раскадровка, эскизы фонов
Большое приключение Холса, Солнечного принца (яп. 太陽の王子 ホルスの大冒険 Тайо: но о:дзи Хорусу но дайбо:кэн?), аниме-фильм, 1968 (режиссёр Исао Такахата).
Организация, ключевая анимация, раскадровка
Али-баба и сорок разбойников (яп. アリババと40匹の盗賊 Арибаба то ёндзю:бики но тодзуку?), аниме-фильм, 1971.
Ключевая анимация, раскадровка, дизайн
Кот в сапогах (аниме) (яп. 長靴をはいた猫, 長靴をはいたネコ Нагагуцу-о Хайта Нэко?), аниме-фильм, 1969, режиссёр Ябуки Кимио, студия Toei.
Летающий корабль-призрак (яп. 空飛ぶゆうれい船 сора тобу ю:рэйсэн?), аниме-фильм, 1969.
Что это? (яп. なんだろう Нандаро:?), аниме-эпизод, 01.11.1992.