На мой взгляд их несколько:
Упустили Улика Кель-Дрому
Прошляпили падение Куна
Не принимали участие в Мандолорских Войнах
Изгнали Изгнанницу (извините за тавтологию)
Не проверили факт уничтожения всех ситхов на Руусане
Прошелкали появление Дарта Сидиуса

По поводу изъятия из семей - вопрос действительно спорный. Учитывая то, что только процентов 10 родителей, и то с натягом, отдавали детей в Орден, считая это честью (не надо фыркать - тех же барабелов вспомним, там бы любые родители зашлись от счастья, что их дитё - потенциальный форсъюзер), а в более чем 50 % - избавлялись от лишнего рта (дитё сытое, обутое-одетое, образованное, да ещё пользу приносить будет). Я лично к этому спокойно отношусь, но каждый имеет право на собственное мнение.
Насчет отсутствия любви и привязанностей - вроде бы правильно, но не каждый это вынесет. Кто-то спокойно проживет жизнь, думая исключительно о служении, кто-то, может, и влюбится, но долг возьмет верх, а кто-то (не будем показывать пальцем) вообще головой думать не способен. Полагаю, в этом отношении надо было сделать так: можешь - живи один, не можешь - заводи семью. Хотя НОД и далее вспомним - много хорошего из этого вышло?
Мне лично более импонируют джедаи-одиночки, уважаю, как-то оно так более... таинственно, что ли. И вот тут проблема привязанности тесно сплетается с проблемой, в конечном итоге и погубившей джедаев, как было выше сказано, - влезание в политику. Тут два варианта: либо брать всё в свои руки, либо полностью абстрагироваться. Но не сливаться.
А проблема с Избранным - в первую очередь в нем самом. Сволочь он, и точка. Ругали, значит, бедного мальчика, не доверяли? А добрый дядюшка Палпи всегда хвалил, по головке гладил, "Эничка - молодец!" И кого же выбирает наш мальчик? Естественно, второе. Вот только, знаете, так может рассуждать малыш лет четырех-пяти. А не взрослый парень, знающий, между прочим, о своем предназначении.
И вот тут ещё одна проблема: насчет этого предназначения толком никто ничего не знал. А кто воду замутил? Квай-Гон. Без комментариев.