Давайте на минутку представим, что сражение во дворце Тида и дальше, на энергостанции, пошло немного другим путём - Куай-Гон убил-таки Дарта Мола. Помня, как развивались события на самом деле, можно предположить, что бы изменилось.
1) Начнём с самого Джинна. Победив ситха, он крадёт славу (ненужную совершенно) у Оби-Вана. Взяв Энакина в падаваны, как и планировал, но уже с согласия Совета (ситх пошёл в зачёт)), учит его в течение нескольких лет. После того, как Энакин становится рыцарем, продолжает выполнять миссии Совета уже один либо с Оби-Ваном и Энакином (иногда и втроём). Падаванов больше не берёт. Достигнув почтенного возраста (почему бы и нет?), растворяется в Силе и обретает бессмертие благодаря давно раскрытому секрету.
2) Энакин - как и мечтал, становится падаваном Куай-Гона и одолевает тьму внутри себя благодаря кратким, но значимым наставлениям учителя (это не скрытая критика Кеноби, а только лишь замечание, что у них с Куай-Гоном разные способы обучения), а лет десять спустя становится рыцарем. Опять же благодаря Куай-Гону влияние Палпатина на него за этот период не достигает никакой значимой величины. Дальше он может стать учителем сам, а может и не стать - важнее то, что у него нет причин переходить на тёмную сторону. Что касается отношений с Падме, то здесь опять же сказывается влияние учителя, и совсем не факт, что Энакин поддастся своим чувствам либо вообще будет их испытывать. Думаю, что их отношения будут такими же, как у неё с Оби-Ваном.
3) Оби-Ван после сражения в Тиде получает возможность пройти испытания и становится рыцарем (в стандартном порядке). Скорее всего, какое-то время выполняет миссии один, затем берёт ученика. Его жизнь так же складывается более-менее спокойно (для джедая).
4) Граф Дуку - известно, что к моменту гибели Куай-Гона он сильно сомневался в правильности политики Совета, и смерть ученика стала причиной окончательного разрыва с Орденом. Теперь же, имея возможность обсудить свои взгляды с Куай-Гоном, он постепенно разрешает противоречия с остальными членами Совета. Никакой тёмной стороны и учительства Палпатина, убийства Сай-Фо Диаса и заказа на создание армии клонов, никакой КНС к 22 ДБЯ.
5) Палпатин - потеряв Мола и не приобретя потенциального ученика в лице Энакина, начинает обучение нового ситха. Параллельно строит козни Республике, но без такой сильной фигуры, как Дуку, в этой игре ему приходится значительно сложнее. Галактическая война. думаю, всё равно неизбежна, но без известных катастрофических последствий для Ордена, поскольку к тому моменту Энакин уже станет полноценным рыцарем с устоявшимися взглядами. То бишь никакого Вейдера. Хотя можно предположить, что Сидиус, ощутив потенциал Скайуокера, постарается устранить Куай-Гона.
К чему я веду?) А к тому, что один удар предрешил судьбу галактики на десятилетия вперёд, и всё могло пойти совершенно другим путём, останься Куай-Гон в живых.

1) Плэгас был уверен, что Квай-гон должен кмереть, иначе конец ситхам. Итак, Квай обучает Энакина, Оби-ван уже не его падаван - это обязательно, Квай-гон сам сказал, что его больше нечему учить. Если Совет не согласится о готовности Оби-вана... Ну, его могут отдать другому наставнику доучиваться. Но. Совет может дать Квай-гону разрешение учить Энакина (как победителю ситха), а может и не дать (если считать, что в каноне дали разрешение только чтобы почтить память Квай-гона).
Во втором случае Квай-гон может и уйти из ордена вместе с Энакином. Возможно это и лучший вариант - учить самостоятельно.
2) Да, Энакин одолевает тьму в себе, до ее появления. :) Квай-гон не запрещает ему вспоминать мать и все такое прочее. Через десять лет линии расходятся. В случае, если они остаются при ордене, то охраняют амидалу со всеми вытекающими, если же нет... Трудно сказать наверняка, может не быть истории с Дженго, Камино, Геонозисом, и армия КНС нападет внезапно, если только не было частью плана вторжение на Геонозис... В любом случае армию клонов Сидиус ДОЛЖЕН предоставить джедаям так или иначе. Нет, тут сначала надо рассмотреть 4 пункт.
3) С Оби-Ваном скорее всего именно так.
4) Дуку. Да, он может вернуться под влиянием Квай-гона, но может и нет. Сидиус тоже старательно будет на него влиять, плюс некая ревность по отношению к Скайуокеру может быть. И главное, КНС возникнет все равно, это было предопределено еще в 1 эпизоде, Плэгасом. Через Сайфо или иначе, но заказ на клонов приходит.
а) Дуку становится лицом КНС. Сайфо - ни в коем случае, он слишком предан ордену джедаев, и от него все равно избавятся, когда будет заказ Камино - слишком много знает. Кстати, Дуку мог уйти из ордена и в том случае, если Квай оттуда уйдет с Энакином.
б) Дуку остается в ордене, в виде оппозиции.
5) Война начинается примерно когда началась. Сидиус обучает или Дуку, или например Вентресс, или Сору Балка, например. Во главе КНС можно поставить Гривуса к ней впридачу. Хотя конечно придется труднее.
Теперь вернемся ко второму. Если все идет как шло с Амидалой, только Квай вместо Оби, то в плен Дуку попадает Квай-гон. Сумеет ли он переубедить учителя? Вряд ли, Сидиус должен этот вариант предусмотреть и подстраховаться, как в "Свидании с тьмой". Тем временем Энакин видит погибающую мать и летит на Татуин с амидалой. Другой вариант: если Эни и Квай-гон не состоят в ордене и НЕ охраняют Амидалу, то летят на Татуин они вдвоем. Скорее всего, влияние Квай-гона сыграет роль и Энакин в любом случае успеет раньше. Хотя, если Силе було угодно, чтобы она умерла... То хоть двигатель в пути сдохнет - и все. В одном случае Энакин спасает мать и все нормально. В другом не успевает, но понимает, что люди умирают и ничего с этим не поделаешь...
Он вполне может жениться на Падме тайно или открыто в случае если он "вольный джедай". Если не женится, это вряд ли что-то изменит.
Война, или с Дуку или с Вентресс и Гривусом. Если Квай-гон и был изгнан из ордена. то теперь Йода просит его с учеником вернуться и говорит, что он отлично обучил Энакина. Однако в этом случае Энакин не очень-то любит Совет, как и Квай-гон, впрочем. Хотя и в случае жизни в ордене у него взгляды отличаются от взглядов Совета.
Медленно, но верно война идет к финалу. Сидиус так или иначе старается подстроить смерть Квай-гона. удастся ли? кто знает... Наилучшим выходом будет схватка на Незримой длани или что-то подобное. Только Скайуокер уже не тот, что в каноне. Если Квай-гон убит, то Скайуокер может убить Дуку или заменяющего ситха. Но потом он не станет слушать чего там Палпатин болтает о необходимости, пойдет к Йоде и сознается. :) В ночь приказа 66 остается в храме и медитирует стараясь разобраться в себе. Палпатин видит, что идея сманить Скайуокера провалилась.
Если же Квай-гон жив, Скайуокер не может убить Дуку и тогда Палпатину придется подстроить смерть того самому... Чтобы не выдал. Или скорее уже во время боя Палпатин поймет. что нет, не сманить Скайуокера, и слегка подтолкнет Дуку(Вентресс) на меч Энакина. Опять же в итоге никаого Вейдера.
Сидиус не открывается Скайуокеру, тот, если женат на Падме, то ссылается на "всегда в движении будущее". Дальше опять же от Силы зависит. если ей позарез нужна мертвая Падме. ничего не поделаешь.
Приказ 66. Орден истребляется. Но Избранный выживает! Сила его не затем создала. В храме ли его застали или на далекой планете, но он прорывается. Амидала остается жива где-то с кем-то - если так и не вышла замуж. Остается жива и здорова с Энакином и детьми - если вышла замуж и будущее в движении. или таки умирает - если Силовое видение не отменить никак.
Как бы то ни было, начинается сопротивление ситху.
а) если хватит у Энакина сил справиться с ним уже тогда - вместе с Йодой прикончат его в зале Сената. И что тогда будет с республикой, которая осталась без императора, убитого прямо после объявления империи и без ордена джедаев. но с армией клонов, уймой обвинений против джедаев и приспешниками Палпатина на постах?
б) Эни придется еще какое-то время учиться у Йоды и победа откладывается. Зато разошедшийся император вызывает восстание протв себя и с повстанцами идет Избранный и все же приканчивает императора.

В любом случае Новая Республика воссоздает орден легко, так как больше уцелело джедаев. Гранд-мастером становится Энакин или Квай-гон.