Давайте на минутку представим, что сражение во дворце Тида и дальше, на энергостанции, пошло немного другим путём - Куай-Гон убил-таки Дарта Мола. Помня, как развивались события на самом деле, можно предположить, что бы изменилось.
1) Начнём с самого Джинна. Победив ситха, он крадёт славу (ненужную совершенно) у Оби-Вана. Взяв Энакина в падаваны, как и планировал, но уже с согласия Совета (ситх пошёл в зачёт)), учит его в течение нескольких лет. После того, как Энакин становится рыцарем, продолжает выполнять миссии Совета уже один либо с Оби-Ваном и Энакином (иногда и втроём). Падаванов больше не берёт. Достигнув почтенного возраста (почему бы и нет?), растворяется в Силе и обретает бессмертие благодаря давно раскрытому секрету.
2) Энакин - как и мечтал, становится падаваном Куай-Гона и одолевает тьму внутри себя благодаря кратким, но значимым наставлениям учителя (это не скрытая критика Кеноби, а только лишь замечание, что у них с Куай-Гоном разные способы обучения), а лет десять спустя становится рыцарем. Опять же благодаря Куай-Гону влияние Палпатина на него за этот период не достигает никакой значимой величины. Дальше он может стать учителем сам, а может и не стать - важнее то, что у него нет причин переходить на тёмную сторону. Что касается отношений с Падме, то здесь опять же сказывается влияние учителя, и совсем не факт, что Энакин поддастся своим чувствам либо вообще будет их испытывать. Думаю, что их отношения будут такими же, как у неё с Оби-Ваном.
3) Оби-Ван после сражения в Тиде получает возможность пройти испытания и становится рыцарем (в стандартном порядке). Скорее всего, какое-то время выполняет миссии один, затем берёт ученика. Его жизнь так же складывается более-менее спокойно (для джедая).
4) Граф Дуку - известно, что к моменту гибели Куай-Гона он сильно сомневался в правильности политики Совета, и смерть ученика стала причиной окончательного разрыва с Орденом. Теперь же, имея возможность обсудить свои взгляды с Куай-Гоном, он постепенно разрешает противоречия с остальными членами Совета. Никакой тёмной стороны и учительства Палпатина, убийства Сай-Фо Диаса и заказа на создание армии клонов, никакой КНС к 22 ДБЯ.
5) Палпатин - потеряв Мола и не приобретя потенциального ученика в лице Энакина, начинает обучение нового ситха. Параллельно строит козни Республике, но без такой сильной фигуры, как Дуку, в этой игре ему приходится значительно сложнее. Галактическая война. думаю, всё равно неизбежна, но без известных катастрофических последствий для Ордена, поскольку к тому моменту Энакин уже станет полноценным рыцарем с устоявшимися взглядами. То бишь никакого Вейдера. Хотя можно предположить, что Сидиус, ощутив потенциал Скайуокера, постарается устранить Куай-Гона.
К чему я веду?) А к тому, что один удар предрешил судьбу галактики на десятилетия вперёд, и всё могло пойти совершенно другим путём, останься Куай-Гон в живых.

Думаю Палыч не убивал бы Плэгуса так рано и нашел бы другой способ уничтожить джедаев без Энакина

Штука в том, что Палпатин не знал о смерти Мола. Убивая Плэгаса, он говорил, что для исполнения у меня есть Мол, а ты мне не нужен, или как-то так. Так что Плэгас погибнет все одно в тот же момент.