В одном из интервью Мэттю Вон сообщил, что фильм даёт начало новой трилогии о Людях Икс, потому в фильме присутствует несколько расхождений с предыдущими частями франшизы. Согласно этому фильму, Чарльз Ксавьер теряет возможность ходить в 1962 году, хотя во флешбэке фильма «Люди Икс: Последняя битва» показано, как он ходит за двадцать лет до событий фильма — приблизительно в 1980-х годах. В фильме «Люди Икс: Начало. Росомаха», действие которого происходит в 1979 году, Ксавьер уводит молодых мутанов с острова Три Майл Айленд, также без инвалидного кресла.

Кроме этого, в «Люди Икс: Первый Класс» Эмма Фрост показана уже взрослой в 1962 году, в то время как в «Люди Икс: Начало. Росомаха» она была еще подростком. Зверь показан в своем обычном облике во время короткого появления в фильме «Люди Икс 2», а фильме «Люди Икс: Последняя битва», он уже став взрослым, покрыт синей шерстью, в то время как в «Люди Икс: Первый Класс» Хэнк Маккой покрылся шерстью примерно на 20 лет раньше, в подростковом возрасте. Доктор Мойра МакТаггет представлена приблизительно одного возраста как в фильме-приквеле, так и в фильме «Люди Икс: Последняя битва», хотя время действия в них рознится на 40 лет.